Учрежден 28.11.1899 года, как 21-й Саперный батальон при 3-й Саперной бригаде. (ПСЗРИ17.808) Фактически составлен к 14.05.1900 г. (ЦГШ116)
в составе: (Сыт.8)
- 1-я саперная рота , поступила рота 5-го Саперного батальона;
- 2-я саперная рота , поступила рота 7-го Саперного батальона;
- 3-я саперная рота , поступила рота 12-го Саперного батальона;
- военно-телеграфная рота , сформирована из чинов различных Саперных батальонов
   с 1910 г. - 4-я телеграфная рота.
Вошел в состав 3-й Саперной бригады. Расквартирован в г. Киев (Киевский ВО). (РСВ)
30.05.1900 г. - батальону присвоено старшинство с 10.12.1899 года. (ПВМ189)
31.05.1900 г. - Пожаловано знамя , образца 1900 года с образом Спаса Нерукотворного. (ЗЗ) Скоба на древко знамени с надписью:

  1899. 21-й Саперный баталiонъ.
       1900. 21-го Сапернаго баталiона. (ПСЗРИ38.600-1912)

27.02.1904 г. - одна рота переведена во 2-й Восточно-Сибирский Саперный батальон, взамен сформирована новая. (ШИ)
1905 г. - Японская война: в середине года отправлен на Дальний Восток. (РСВ)
К 24.05.1906 г. - Приведен в состав мирного времени. Возвращен в состав бригады. (ЦГШ419) Расквартирован в г. Киев (Киевский ВО).(РСВ)
09.06.1907 г. - приказано лишить батальон ранее пожалованного знамени. (ВП)
29.03.1909 г. - знамя возвращено. (ВП)
В 1910 году при упразднении Саперных бригад, вошел в состав 11-го армейского корпуса. Расквартирован в г. Ровно (Киевский ВО).
.

1914 г. - Мировая война: 11-й армейский корпус в составе 3-й армии (Юго-Западный фронт).
15.02.1916 г. - Батальон переформирован по новому штату из 4-х саперных и телеграфной рот. Сформирована 4-я саперная рота. (ПШВГ201)
В середине 1916 г. - 11-й армейский корпус в составе 9-й армии (Юго-Западный фронт).
В конце 1916 г. - 11-й армейский корпус в составе 8-й армии (Юго-Западный фронт).
С начала 1917 г. - 21-й Инженерный полк. (ПШВГ1669-1916)
04.04.1917 г. - Приказано, знамя, с вензелем, отрекшегося императора, доставить в Петроград, для выполнения работ по снятию вензеля. (ПВМ182)

Примечание:
[1854] - год формирования роты.